История Медвежьегорской РЭБ флота неразрывно связана с Беломорско-Балтийским каналом. После окончания строительства канала в 1933 году обнаружилась острая нехватка флота и в особенности несамоходного. Под эти нужды в 1934 году Наркомречфлотом СССР и была организована Пиндушская судоверфь. Первоначально, на верфи был освоен выпуск деревянных морских лихтеров грузоподъемностью 800-1000 тонн. К 1936 году суммарный тоннаж несамоходного флота, сданный в эксплуатацию судоверфью достиг 52500 тонн. В это же время, в Пиндушах приступили к строительству самоходного флота — полярных экспедиционных моторно-парусных судов типа «Смольный», самоходных катеров, буксиров, дрифтеров для рыбной промышленности. В связи с появлением более сложных заказов, на судоверфи был построен электросварочный, слесарно-монтажный цехи, новые стапели и дизельная электростанция.
В период Великой Отечественной войны оборудование, которое не удалось вывезти перед приходом неприятеля, было разрушено и сожжено. Поэтому в 1945 году по решению Совета Министров СССР развернулось масштабное восстановление судоверфи. Были построены: электростанция, лесопильный цех, восстановлен кузнечно-механический цех, стапели и др. объекты. Уже в 1946 году обновленная верфь приступила к постройке грузовых барж и морских лихтеров.
К 1959 году было завершено строительство наклонной части слипа для подъема крупнотоннажных судов. Параллельно осваивались новые виды производства: металлическое судостроение, контейнеростроение, домостроение. На баланс предприятия передаются несамоходные и буксирные суда, работающие в бассейнах Белого и Балтийского морей и на внутренних водных путях.
В 60-х годах происходит активная замена паровых буксиров типа «Ижорец» на современные дизельные суда. Предприятие, переименованное в Медвежьегорскую РЭБ флота, также активно принимало участие в деле обновления буксирного флота. В семидесятые годы РЭБ начала производство барж-площадок грузоподъемностью 600 тонн, налажен серийный выпуск металлических контейнеров, активно развивался судоремонт. Параллельно с основным производством на предприятии велось интенсивное строительство. Так в это время были введены в строй судокорпусный, столярный, контейнерный цехи, организовано автохозяйство.
К концу 1982 года на Медвежьегорской РЭБ и Петрозаводской РЭБ флотов на техническом обслуживании состояло 70 единиц несамоходного флота, 55 единиц судов типа «Волго-Балт», 24 «Волго-Дона» плюс пассажирские суда с флагманом «Михаилом Ломоносовым». Вместе с Петрозаводской РЭБ Медвежьегорская РЭБ флота тогда обслуживала весь флот Беломорско-Онежского пароходства (БОП).
«Глобальный передел» 2000 годов оказался катастрофическим для предприятия. Флот был приватизирован и разошелся по новым собственникам. Оставшись без основного заказчика, Медвежьегорская РЭБ флота перебивалась случайными заказами, далекими от судоремонта и судостроения, пока и эти работы не сошли на нет. В 2009 году работа на некогда мощном предприятии практически остановилась.
Возрождение предприятия началось с 2012 года. Был проведен целый комплекс работ по восстановлению жизнедеятельности предприятия, в том числе: произведен капитальный ремонт стапеля с заменой рельсов и шпал, отремонтированы подъездные и подкрановые пути, сами краны, восстановлен станочный парк в механическом и судокорпусном цехе, отремонтированы косяковые и стапельные тележки, начата модернизация системы энергообеспечения и реконструкция производственных цехов. Одним из основных и наиболее сложным этапом возрождения предприятия стало восстановление рабочего коллектива. В лучшие годы на предприятии трудилось 800 только производственных рабочих. Благодаря усилиям руководства, удалось вернуть на производство целый ряд старых опытных сотрудников. В настоящее время штат предприятия насчитывает около 90 человек.
За последние два года, возрожденной РЭБ было отремонтировано 17 единиц судов различного типа. При ремонте выполнены работы по замене обшивки, ремонту винто-рулевого комплекса (ВРК), ремонту и замене главных и вспомогательных двигателей, ремонту и замене трубопроводов, систем осушения, отопления, ремонту электрооборудования и кабельных трасс, очистке и покраске корпусов судов. Кроме того, выполнены заказы по изготовлению и ремонту металлоизделий и металлообработке, а также по утилизации судов. Среди клиентов предприятия были ФБУ «Администрация «Беломорканал», ООО «Петрозаводская судоходная компания», АО «ЛСР», ООО «Флот-Сервис», ряд индивидуальных предпринимателей.
РЭБ активно участвовала в работах по модернизации Беломорско-Балтийского канала. В рамках этого проекта, на производственных площадях РЭБа осуществлялось изготовление металлоконструкций закрытий, шлюзовых ворот и других гидротехнических изделий.
В 2024 году Медвежьегорская РЭБ флота отметила свой 90-летний юбилей. На долю предприятия пришлось немало трудностей, особенно в период перелома эпох. Однако, коллектив предприятия смотрит в будущее с оптимизмом, история Медвежьегорской РЭБ флота продолжается.